いいえ、行いません。

【解説】
【創生召喚】においては使用段階では素材の指定は行いません。
《帝国魔術師 シオリ・ローディア》の【創生召喚】を使用する場合、その使用を宣言し、この能力をゲートに置いて対応を待ちます。
その後、この【創生召喚】の解決に入った時点で、素材を選択して特殊召喚を行います。
相手が《導きの聖剣士》または《ブラックナイト ディスター》を破壊したとしても、その時点では【創生召喚】の素材の選択は行われていないため、【創生召喚】の解決時に《帝国魔術師 シオリ・ローディア》と場にある戦士を素材にしてレベル３までの戦士かドラゴンをデッキから特殊召喚できます。

いいえ、特殊召喚は行われません。

【解説】
《帝国魔術師 シオリ・ローディア》の【創生召喚】の能力には「これと、味方の、戦士か魔術師のユニット１体以上を素材にしてデッキの下に置く。そうしたら」と書かれています。
この「そうしたら」以降の処理は、それより前の行動を完全に実行できた場合にのみ実行されます。
それができなかった場合は、「そうしたら」以降の処理は実行されません。
ご指摘の状況の場合、この能力の解決時に「これを素材にしてデッキの下に置く」の部分が実行できないため、「そうしたら」以降は行われず、特殊召喚は実行されません。