いいえ、デッキを見た上でシャッフルする義務があります。
【解説】
効果に書かれていることは、それが「してよい」と書かれていない限りは、実質的に不可能な場合でも可能な限り実行する義務があります。
《陸戦拡張兵装 益荒男 弐號機》の【CNT】能力には「特殊召喚してよい」とは書かれていないため、特殊召喚を行うための手順を可能な限り実行する義務があります。
《陸戦拡張兵装 益荒男 弐號機》の「デッキから“益荒男 壱號機”を１体、攻撃ゾーンに特殊召喚する」は、「君のデッキから“益荒男 壱號機”を含むユニットを１体選び、それを攻撃ゾーンに特殊召喚し、その後君のデッキをシャッフルする」を意味します。
デッキ内に“益荒男 壱號機”を含むユニットが１枚も無い場合は、そのカードを選ぶことはできませんが、「君のデッキをシャッフルする」は実行可能なため、行う義務があります。
